Cover Image

Algoritma markov clustering paralel untuk pengelompokan protein = Parallel algorithm of markov clustering for protein clusterization

Format: Bachelors Doctoral
Terbitan: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia , 2012
Subjects:
Markov processes
Statistical decision
Online Access: http://lib.ui.ac.id/file?file=digital/20313211-S43685-Algoritma markov.pdf
ctrlnum 20313211
fullrecord <?xml version="1.0"?> <dc schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd"><title>Algoritma markov clustering paralel untuk pengelompokan protein = Parallel algorithm of markov clustering for protein clusterization</title><creator/><type>Thesis:Bachelors</type><place/><publisher>Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia</publisher><date>2012</date><description>Algoritma Markov Clustering adalah algoritma pengelompokan yang banyak digunakan pada bidang bioinformatik. Operasi utama pada algoritma ini adalah operasi ekspansi. Pada operasi ekspansi dilakukan perkalian dua buah matriks. Karena data pada bidang bioinformatik umumnya berukuran sangat besar dan memiliki tingkat sparsity yang sangat tinggi, diperlukan metode untuk menghemat penggunaan memori dan mempercepat proses komputasi. Sementara itu, Graphics Processing Unit (GPU) berkembang menjadi suatu platform komputasi paralel dengan performa yang lebih baik dari pada Central Processing Unit (CPU). Pada skripsi ini data yang diproses disimpan dalam bentuk sparse matriks ELL-R dan perkalian matriks yang dilakukan menggunakan Sparse Matrix Matrix Product (SpMM) ELL-R. SpMM ELL-R dibuat dengan melakukan Sparse Matrix Vector Product (SpMV) ELL-R beberapa kali. Algoritma MCL yang dibuat menggunakan komputasi paralel dengan GPU. &lt;hr&gt; &lt;b&gt;Abstract&lt;/b&gt;&lt;br&gt; Markov Clustering Algorithm is a clustering algorithm that used often in bioinformatics. The main operation of this algorithm is expand operation. The multiplication of two matrix was done in expand operation. Because data processed in bioinformatics usually have a vast amount of information and have high sparsity, a method to save memory usage and make the computating process faster is needed. Meanwhile, Graphics Processing Unit (GPU) developed into a parallel computing platform with better performance compared to Central Processing Unit (CPU). In this skripsi, processed data stored using ELL-R sparse matrix and matrix multiplication done using Sparse Matrix Matrix Product (SpMM) ELL-R. SpMM ELL-R made by doing Sparse Matrix Vector Product (SpMV) ELL-R several times. MCL Algorithm made using parallel computing with GPU.</description><subject>Markov processes.</subject><subject>Statistical decision.</subject><identifier>20313211</identifier><source>http://lib.ui.ac.id/file?file=digital/20313211-S43685-Algoritma markov.pdf</source><recordID>20313211</recordID></dc>
format Thesis:Bachelors
Thesis
Thesis:Doctoral
title Algoritma markov clustering paralel untuk pengelompokan protein = Parallel algorithm of markov clustering for protein clusterization
publisher Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia
publishDate 2012
topic Markov processes
Statistical decision
url http://lib.ui.ac.id/file?file=digital/20313211-S43685-Algoritma markov.pdf
contents Algoritma Markov Clustering adalah algoritma pengelompokan yang banyak digunakan pada bidang bioinformatik. Operasi utama pada algoritma ini adalah operasi ekspansi. Pada operasi ekspansi dilakukan perkalian dua buah matriks. Karena data pada bidang bioinformatik umumnya berukuran sangat besar dan memiliki tingkat sparsity yang sangat tinggi, diperlukan metode untuk menghemat penggunaan memori dan mempercepat proses komputasi. Sementara itu, Graphics Processing Unit (GPU) berkembang menjadi suatu platform komputasi paralel dengan performa yang lebih baik dari pada Central Processing Unit (CPU). Pada skripsi ini data yang diproses disimpan dalam bentuk sparse matriks ELL-R dan perkalian matriks yang dilakukan menggunakan Sparse Matrix Matrix Product (SpMM) ELL-R. SpMM ELL-R dibuat dengan melakukan Sparse Matrix Vector Product (SpMV) ELL-R beberapa kali. Algoritma MCL yang dibuat menggunakan komputasi paralel dengan GPU. <hr> <b>Abstract</b><br> Markov Clustering Algorithm is a clustering algorithm that used often in bioinformatics. The main operation of this algorithm is expand operation. The multiplication of two matrix was done in expand operation. Because data processed in bioinformatics usually have a vast amount of information and have high sparsity, a method to save memory usage and make the computating process faster is needed. Meanwhile, Graphics Processing Unit (GPU) developed into a parallel computing platform with better performance compared to Central Processing Unit (CPU). In this skripsi, processed data stored using ELL-R sparse matrix and matrix multiplication done using Sparse Matrix Matrix Product (SpMM) ELL-R. SpMM ELL-R made by doing Sparse Matrix Vector Product (SpMV) ELL-R several times. MCL Algorithm made using parallel computing with GPU.
id IOS18069.20313211
institution Universitas Indonesia
institution_id 51
institution_type library:university
library
library Perpustakaan Universitas Indonesia
library_id 492
collection Repository Disertasi (Open) Universitas Indonesia
repository_id 18069
city KOTA DEPOK
province JAWA BARAT
repoId IOS18069
first_indexed 2022-12-14T03:58:29Z
last_indexed 2022-12-14T03:58:29Z
recordtype dc
merged_child_boolean 1
_version_ 1752182621583966208
score 17.538404

Lihat Juga