Молекулярно - генетичний аналіз варіабельності генів HA, NA та NP вірусу пташиного грипу А (у порівнянні штамів H1N1 та H7N9)
| Main Author: | Semen Buriachenko |
|---|---|
| Format: | Article eJournal |
| Bahasa: | ukr |
| Terbitan: |
, 2018
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
https://zenodo.org/record/3496799 |
Daftar Isi:
- Мета. У зв’язку з високою антигенною мінливістю та властивістю до реассортації генів вірусу грипу типа А провести аналіз варіабельності генетичних маркерів двох різних антигенних підтипів штамів вірусу грипа А H1N1 та H7N9 виділених від різних хазяїв (людини та птиці). Матеріали та методи. Послідовності нуклеотидів для аналізу були взяті з бази даних (NCBI). За допомогою програми кластерного аналізу MEGA6 та обрахування генетичних дистанцій за алгоритмом ClustalW кодуючих послідовностей нуклеотидів генів HA, NA та NP-білку, були проведені визначення на вибірці штамів грипу А. Визначення однонуклеотидних замін у позиціях за наявності мутацій проводили за допомогою програми Flusurver. Побудову дендрограм здійснювали парногруповим методом кластеризації UPGM, достовірність обраховували за допомогою бут-стреп аналізу. Варіабельність генів нейромінідази, гемаглютиніна та нуклеопротеїду визначали шляхом локального вирівнювання послідовностей за алгоритмом Сміта – Уотермана програми VectorNTI-11. Результати. Були сформовані консенсусні послідовності (КП) для НА, NА та NP- генів; знайдені загальні консервативні ділянки (мотиви). Виконаний аналіз вірусних нуклеїнових кислот на варіабельність генетичних маркерів вірусу пташиного грипу HA, NA та NP, що кодують фактори вірулентності у субтипів H1N1 та H7N9 показав генетичну мінливість (варіабельність) генів гемаглютиніну та нейромінідази. Вибірка послідовностей генів показала, що гени НА вірусу пташиного грипу мають більший міжштамовий поліморфізм, ніж гени NA та NP-білку. Генетичними маркерами високої варіабельності є гени гемаглютиніну субтипу H1N1 та гени NA у субтипа H7N9. Висновки. У статті аналізуються структурні особливості генів поверхневих білків та нуклеопротеїду вірусів гриппу АH1N1 та AH7N9. Визначена степінь синонімічності нуклеотидних замін. Встановлен звязок розподілу нуклеотидного поліморфізму та показників синонімічних та несинонімічних замін. Висока варіабельність гену НА, та дещо менша – NА, обумовлює здатність вірусу пташиного грипу, зокрема його високовірулентного штаму H1N1 та менш вірулентного H7N9, долати міжвидовий бар’єр, тоді як фактор реплікації, що кодується геном NP, має менше значення для подолання міжвидового бар’єру, що обумовлює його нижчу, порівняно з НА та NА, варіабельність