Uso del CPAN Farm para la búsqueda de cadenas ARN en la construcción de GNOMAS
| Main Authors: | Mario Rossainz López, Manuel I. Capel Tuñon, Jesús García Ramírez, Ivo H. Pineda Torres |
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| Format: | Proceeding |
| Terbitan: |
, 2017
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| Subjects: | |
| Online Access: |
https://zenodo.org/record/1043614 |
Daftar Isi:
- Se propone la representación mediante el modelo de las Composiciones Paralelas de Alto Nivel o CPANs del patrón de comunicación/interacción denominado Farm y su adecuación a un nuevo modelo de CPAN llamado Cpan ARNi para demostrar su importancia de uso en la solución de problemas reales en áreas como la bioinformática y realizar la búsqueda exhaustiva paralela (BEP) de cadenas ARN que ayuden a la secuencia y ensamble de ADNs en la construcción de gnomas; todo esto a través de un enfoque de Programación Paralela Estructurada basado en el concepto de Objetos Paralelos. Se muestra el modelo del Farm en sus dos implementaciones, la genérica como CpanFarm y la particular como CpanARNi bajo el paradigma de la Orientación a Objetos para la solución del problema de la búsqueda de cadenas ARNi en particular. Los CPANs que aquí se muestran, contienen un conjunto de restricciones predefinidas de sincronización entre procesos (paralelismo máximo, exclusión mutua y sincronización del tipo productor-consumidor), así como el uso de los modos de comunicación síncrono, asíncrono y futuro asíncrono. Se proponen dos algoritmos ligados al Cpan ARNi, el algoritmo que realiza el pre procesamiento de las cadenas y el referente a la BEP. Se muestra el diseño de los CPANs y su utilidad en un experimento usando las cadenas ARNi de la especie de levadura conocida como S. pombe y con ello un comparativo de las métricas de rendimiento en su ejecución paralela usando multicores.