Karakterisasi molekuler ikan gurami merah dan gurami tambago (osphronemus sp.) menggunakan sekuen parsial gen sitokrom c oksidase 1
Daftar Isi:
- Ikan gurami (Osphronemus goramy) merupakan salah satu jenis komoditas ikan air tawar yang bernilai ekonomis tinggi. Ikan tersebut telah banyak dikembangkan diberbagai daerah termasuk di Provinsi Sumatera Barat. Ikan gurami yang dikembangkan di UPTD BBI Provinsi Sumatera Barat adalah ikan gurami tambago dan merah. Gurami merah merupakan jenis ikan unggulan lokal Provinsi Sumatera Barat yang khas dan tidak terdapat di Provinsi lain. Karakter yang khas gurami tersebut adalah warna sisiknya merah bersih tanpa adanya bintik-bintik atau campuran dengan warna hitam. Gurami tambago memiliki pola yang khas pada sisik ventral dekat anal dengan warna kecoklatan seperti tembaga. Ikan gurami merah dan gurami tambago yang dibudidayakan di BBI Sumatera Barat diduga memiliki variasi genetik. Namun, hal ini perlu dilakukan adanya uji lanjut. Oleh karena itu karakterisasi molekuler kedua gurami tersebut perlu dilakukan menggunakan penanda genetik yang mempunyai sensitifitas tinggi. Salah satu karakter molekuler yang dapat digunakan sebagai penanda genetik adalah gen CO1. Gen tersebut merupakan salah satu dari gen dalam genom mitokondria (mtDNA) yang biasa digunakan sebagai barcode. Segmen gen CO1 dengan ukuran sekitar 600-750 bp, telah digunakan untuk identifikasi di beberapa taksa hewan seperti serangga, burung, dan ikan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui beberapa karakter molekuler gurami merah dan gurami tambago. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode survei dengan pengambilan sampel secara random sampling. Sampel ikan gurami merah dan gurami tambago yang digunakan merupakan koleksi Bapak Dr. Agus Nuryanto, S.Si., M.Si. Penelitian ini diawali dengan melakukan ekstraksi DNA sirip ikan, amplifikasi fragmen gen CO1 mtDNA ikan, elektroforesis gel agarosa, pengamatan hasil di bawah UV transluminator, dan pendokumentasian dilakukan di Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas Biologi Unsoed. Tahap selanjutnya yaitu sekuen DNA, Hasil sekuensing diedit menggunakan software Bio-Edit. Persentase konten tiap nukleotida dan jarak genetik dihitung menggunakan software Arlequin. Hubungan kekerabatan gurami merah dan gurami tambago diduga berdasarkan pohon filogenetik yang direkonstruksi menggunakan alogaritma NJ (Neighbor Joining) dengan bantuan software MEGA dengan gurami sabah dan sepat sebagai outgroup (pembanding). Hasil penelitian menunjukan bahwa kandungan nukleotida gurami merah berkisar 17,09%-32,27% dan gurami tambago 17,11%-32,27%. Keragaman haplotipe gurami merah sebesar 0,933 +/- 0,1217 dan gurami tambago 0,7500 +/- 0,1121. Sementara itu keanekaraman nukleotida gurami merah sebesar 0,003901+/0,002818 dan gurami tambago sebesar 0,003165+/-0,002225, dikuatkan dengan jarak genetika antara kedua strain 0,00459, hal ini kurang dari 1% sehingga kedua strain tersebut masih dalam satu spesies yaitu Osphronemus gaurami. Ikan gurami merah dan gurami tambago membentuk kelompok monofiletik ketika dibandingkan dengan Trichogaster 1 (accession number KY290117.1, Trichogaster 2 (accession number KY290047.1), and Trichogaster 3 (accession number KU569056.1).