Isolasi dan Karakterisasi Fragmen Gen Penyandi Enzim Lipolitik pada Bakteri Bacillus cereus dan Bacillus thuringiensis
Daftar Isi:
- Tujuan penelitian ini untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi enzim lipolitik pada Bacillus cereus dan Bacillus thuringiensis. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April-Juni 2014 di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan; dan laboratorium molekuler Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran. Sumber isolat yang dipakai dalam penelitian ini diperoleh dari stok isolat laboratorium Bioteknologi FPIK, UNPAD. Metode eksploratif dengan analisis secara deskriptif digunakan dalam penelitian ini. Tahapan penelitian meliputi peremajaan biakan dan adaptasi substrat, uji aktivitas lipolitik, isolasi genom, amplifikasi fragmen gen penyandi enzim lipolitik menggunakan PCR, dan sekuensing amplikon yang dianalisis secara bioinformatik. Primer yang digunakan merujuk pada hasil penelitian Susanto et. al (2006) Lip_R (5’ GAG AGS RTG ATG AAA KGC TG 3’) dan Lip_F (5’ GAC AAG CAT GCG GGC CGT CTG 3’). Hasil penelitian menunjukkan adanya aktivitas lipolitik pada kedua isolat ditandai dengan munculnya pendar orange pada media di bawah UV 350 nm. Amplikon fragmen gen penyandi enzim lipoltik dari B.cereus dan B.thuringiensis berukuran 517 bp. Karakterisasi molekuler kedua sekuen amplikon di atas dicirikan dengan multi domain Ochin_thiF_like yang merupakan bacteriocin, motif ASN_GLYCOSYLATION, CK2_PHOSPHO_SITE, MYRISTYL, PKC_PHOSPHO_SITE dan TYR_PHOSPHO_SITE. Analisis prediksi struktur tiga dimensi dengan program http://www.expasy.org/ pada kedua protein penyandi menunjukan adanya perbedaan struktur protein yang dihasilkan oleh masing-masing spesies bakteri karena perbedaan jumlah dan posisi asam amino penyusunnya. Berdasarkan analisis menggunakan program Genetyx R versi 7.0 untuk kedua gen, menunjukan tingkat kekerabatan yang tinggi antara.B. cereus dan B. thuringiensis . Hal ini mengindikasikan kekerabatan yang dekat antara kedua gen sekuen protein tersebut.