Deteksi Molekuler Mycosphaerella musicola Leach Penyebab Penyakit Sigatoka Kuning pada Pisang (Musa acuminata Colla) berdasarkan Daerah Internal Transcribed Spacer rDNA
| Main Author: | Chen, Rina Susanti |
|---|---|
| Format: | bachelorthesis doc-type Bachelors |
| Bahasa: | ind |
| Terbitan: |
, 2016
|
| Online Access: |
http://repository.unpad.ac.id/frontdoor/index/index/docId/12821 |
Daftar Isi:
- Produksi pisang (Musa acuminata) di Indonesia masih kurang optimal, salah satunya akibat serangan penyakit sigatoka kuning yang disebabkan oleh Mycosphaerella musicola. Deteksi awal penyakit sigatoka kuning yang lambat menyebabkan pencegahan terhadap penyebaran penyakit ini sulit untuk dilakukan sejak dini. Oleh karena itu, penting dilakukannya suatu pengembangan metoda deteksi penyakit ini secara cepat, spesifik, dan sensitif. Daerah ITS merupakan daerah yang cukup variatif untuk dijadikan sebagai daerah penanda dalam pengembangan metode deteksi secara molekuler pada patogen fungi termasuk M. musicola. Dalam penelitian ini telah dilakukan optimasi reaksi PCR terhadap pasangan primer spesifik pada daerah ITS untuk deteksi M. musicola. Penelitian ini dilakukan dengan beberapa tahapan, yaitu isolasi spora tunggal, ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, sekuensing DNA, pengujian spesifisitas dan pengujian sensitivitas. Hasil dari analisis sekuen menunjukkan bahwa sampel R2, R3, R4, dan R5 teridentifikasi sebagai M. musicola namun sampel R1 tidak termasuk spesies tersebut. Hasil optimasi reaksi PCR yang dilakukan adalah sebagai berikut: 1 siklus dengan suhu 95°C selama 3’, diikuti dengan 45 siklus dengan suhu 95°C selama 30’’, 55°C selama 30’’, dan 72°C selama 1’ serta 1 siklus dengan suhu 72°C selama 10’. Campuran reaksi PCR adalah: 10µl NFW, 12,5µl gotaq green master mix, 0,5µl DMSO, 0,5µl Primer MM2F&MM2R, dan 1µl template DNA. Uji sensitifitas menunjukkan bahwa konsentrasi DNA terkecil yang masih dapat terdeteksi adalah 0,0086 ng/µl. Suhu annealing yang dapat digunakan adalah 50º sampai 59,2ºC, dimana suhu 55ºC merupakan suhu annealing optimal untuk protokol yang sudah dikembangkan. Dari penelitian ini didapatkan protokol baku deteksi penyakit sigatoka kuning secara cepat, sensitif, dan spesifik.