Identifikasi mikroba indigen penghasil alkaline protease berdasarkan urutan basa gen pengkode 16S rRNA / Yuliatin
| Main Author: | Yuliatin |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2013
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.um.ac.id/23709/ |
Daftar Isi:
- KataKuncialkalineprotease16SrRNAPCRsequencingUjifenotipebakteriindigenpenghasilalkalineproteaseyangtelahdiisolasidarifesesayamBroilermengindikasikanbahwabakteritersebutmerupakanProteussp.yangberasaldarifamiliEnterobacteriaceaedariklasGammaproteobacteria.PadahalProteussp.merupakanbakteripatogenolehkarenaitudiperlukanujigenotipeberdasarkanurutanDNApengkode16SrRNAuntukmengkonfirmasihasiltersebut.Penelitianinibersifatdeskriptiflaboratoris.Tujuanpenelitianyaitumengetahuispesiesbakteritersebutberdasarkanurutangenpengkode16SrRNA.MetodeyangdigunakanadalahisolasidanpengukurankosentrasiDNAtotalbakteriamplifikasidenganPCRelektroforesissequencingdananalisisbioinformatika.DNAgenomdiamplifikasipadadaerahDNApengkode16SrRNAdenganPCRmenggunakanprimeruniversal63fdan1387r.Prosesamplifikasidimulaidenganpredenaturationpada94oCselama2menitdilanjutkansiklusdenaturationannealingdanextentionberturut-turut94oCselama30detik55Cselama40detikdan72Cselama30detikberlangsungsebanyak30siklus.Tahapanamplifikasidiakhiridenganfinalextensionpadasuhu72Cselama5menit.Hasilamplifikasidivisualisasikandenganelektroforesismengunakanagarose1%.DNAhasilamplifikasiselanjutnyadi-sequencingmengunakanprimeryangsamamenggunakangeneticanalyzerABIPRISM310.UrutanbasaDNAselanjutnyadi-BLASTpadasitusNCBIdandianalisisdenganprogramClustralXuntukmengetahuihubungankekerabatanbakteri.SelanjutnyadibuatpohonfilogenetikdenganprogramMEGAversi5.03.MetodestatistikyangdigunakanadalahNeighbor-JoiningTreedenganmodelp-distancestingkat1000bootstrap.HasilpengukurandengannanodropmenunjukkankosentrasiisolatDNAyaitu3990ng/L.VisualisasihasilamplifikasimenggunakanelekroforesismenunjukkanadanyapitatunggalDNAdenganukuransesuaiyangdiharapkanyaitusekitar13kb.HasilsequencingmenunjukkanbahwafragmenDNAyangberhasilditentukanurutannukleotidanyasepanjang1209kb.HasilanalisisdenganbioinformatikamenunjukkanbakteriyangdianalisismempunyaitingkatkekerabatanterdekatdengangenusAcetobacterdengantingatkemiripansebesar88%sedangkankemiripannyadenganbakteridarigenusProteussebesar71%.Diperlukansequencingyanglebihakuratuntukmengetahuikemungkinannyasebagaispesiesbaru.