Analisis urutan gen pengkode 16S rRNA (16S rDNA) sebagai acuan identifikasi secara genetika molekul untuk bakteri indigen Pseudomonas sp. / Aninda Rahma Astrina
| Main Author: | Astrina, Aninda Rahma |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2013
|
| Subjects: | |
| Online Access: |
http://repository.um.ac.id/23705/ |
Daftar Isi:
- KataKunci16SrDNAPseudomonasGenetikadanProteasePenelitiansebelumnyatelahberhasilmengisolasibakteriindigenpenghasilproteasedaritanahyangdisebutisolatND1.UjifenotipmenunjukkanisolattersebutadalahPseudomonasfluorescens.DalamrangkamengklarifikasikebenaranspesiesmikrobapenghasilproteasetersebuttelahdilakukanpenelitianuntukmenganalisisurutanDNA16SrRNAisolatND1sehinggadiketahuispesiessertahubungankekerabatandenganbakterilain.PenelitianinidimulaidenganpembebasanDNAgenomdariselmenggunakanbufferlisis.DNAgenomtotalisolatND1kemudiandiamplifikasi/diperbanyakpadadaerah16SrDNAdenganteknikPCRmenggunakanprimer63fdan1387r.Prosesamplifikasidiawalidenganpemanasanawal94Cselama2menitkemudianmemasukisiklusdenaturationannealingdanelongationberturut-turut94Cselama30detik55Cselama40detikdan72Cselama30detikberlangsungsebanyak30siklus.Kemudiandiakhiridenganfinalextensionselama5menitpadasuhu72C.SelanjutnyadielektroforesisurutanbasanukleotidaamplikontersebutdibacadenganmenggunakaninstrumenABIPRISM310GenetikAnalyzerdiUINMalang.UrutanbasanukleotidaselanjutnyadianalisismenggunakanprogramBLASTpadasitusNCBI.Untukmengetahuifilogeni/kekerabatandenganorganismelainhasilsekuensing16SrDNAIsolatND1tersebutdibandingkandengandatasekuen16SrDNAbeberapaspesiesyangdiperolehdaribankdata.Datasekuen16SrDNAtersebutkemudiandialignmentdenganprogramclustalXver2.0.KemudianpohonfilogenetikdibuatdenganmenggunakanprogramMEGAver5.03denganmetodestatistikNeighbor-JoiningTreedenganmodelp-distancestingkat1000bootstrap.NanodropspektrofotometermenunjukkankonsentrasiDNAgenomyangberhasildibebaskandariselsebesar2191.1ng/mldanmemilikirasioabsorbansi260/280nmsebesar164.HasilPCRgen16SrDNAditunjukkandenganpitatunggalpadagelelektroforesisdenganukuransekitar1300pb.Hasilsekuensingmenggunakanprimerforwarddanreversemenghasilkansekuendengan1282pbyangdenganprogramBLASTmenunjukkanbahwaisolatND1tersebutmemilikinilaitingkatidentitasmaksimum99%denganPseudomonasstutzeri.BerdasarkananalisispohonfilogenetikbakteriisolatND1memilikihubungankekerabatanyangjauhdenganPseudomonasfluorescensyangmerupakanbakteridugaanawalnamunmemilikihubungankekerabatanyangsangatdekat(99%)denganPseudomonasstutzeriATCC17588LMG11199strainATCC17588danPseudomonasstutzeriA1501.