Identifikasi bakteri indigen penghasil protease ekstraseluler melalui analisis gen pengkode 16S rRNA / Nurma Sulistyani
| Main Author: | Sulistyani, Nurma |
|---|---|
| Format: | Thesis NonPeerReviewed |
| Terbitan: |
, 2013
|
| Online Access: |
http://repository.um.ac.id/22057/ |
Daftar Isi:
- SulistyaniN.2013.IdentifikasiBakteriIndigenPenghasilProteaseEkstraselulermelaluiAnalisisGenPengkode16SrRNA.SkripsiJurusanKimiaFakultasMatematikadanIlmuPengetahuanAlamUniversitasNegeriMalang.Pembimbing(I)Dr.SuhartiS.Pd.M.Si(II)EliHendrikSanjayaS.Si.M.Si.KataKunciProteaseidentifikasimolekuler16SrRNAdanfilogenetik.PadapenelitiansebelumnyatelahberhasildiisolasibakteriindigenpenghasilproteasedariairyangdisebutisolatNS.UjifenotipmenunjukkanbahwaisolattersebutadalahAeromonashydrophila.Untukmenentukanspesiesbakteritersebutsecaralebihakuratperludilakukananalisisurutangenpengkode16SrRNA.PenelitianinidimulaidengantahapawalyaituisolasiDNAdariseldanhasilisolasiDNAdianalisisdenganmenggunakanSpektrofotometerNanoDrop.FragmenDNAgenpengkode16SrRNAselanjutnyadiperbanyakmenggunakanprimer63F-1387Rdan536F-1392Ryangmasing-masingmampumemperbanyakfragmendenganukuran1300bpdan900bp.Prosesinidilakukanmelaluibeberapatahapanyangdimulaidengandenaturasiawalpada948451selama5menitdilanjutkandengan30siklusyangmeliputi3tahapanyaitudenaturationpada948451selama1menitannealingpada508451selama1menitdanextentionpada728451selama2menitdandiakhiridenganfinalextentionpada728451selama10menit.HasilPCRdianalisismenggunakanelektroforesisselanjutnyasekuensingmenggunakanABIPRISM310GenetikAnalyzer.UrutanbasanukleotidayangdiperolehdianalisismenggunakanprogramBLASTpadabankdatadisitusNCBI.PenentuankekerabatandenganbakterilaindilakukanmenggunakanprogramclustalXver2.0.12.PenyusunanpohonfilogenetikdilakukanmelaluiprogramMEGAver.5.03denganmetodestatistikNeighbor-JoiningTreedenganmodelp-distancetingkat1000boostrap.HasilpenelitianmenunjukkanbahwahasilisolasiDNAberisi17593ng/956L.HasilPCRmenunjukkanadanyapitatunggaldenganukuransekitar900bp.Hasilsekuensingfragmentersebutmenghasilkansekuensebesar726bp.AnalisisbioinformatikamenggunakanprogramBLASTmenunjukkanbahwaisolatNSmemilikitingkatidentitasmaksimumsebesar87%denganPseudomonasstutzeri.HasilinimenunjukkanbahwaisolattersebutbukanmerupakanAeromonashydrophilanamunjugabukanmerupakanPseudomonasstutzerikarenatingkatsimilaritasnyakurangdari97%.DengandemikiandapatdidugabahwaisolatNSmerupakanspesiesbarusehinggaperlupenelitianlanjutandenganmensekuensingseluruhgenpengkode16SrRNAisolatNS.